Metody analizy kompleksów białko-białko oraz białko-kwasy nukleinowe

Oddziaływania białko-białko wpływają bezpośrednio na procesy biologiczne wszystkich żywych organizmów na wielu poziomach ich funkcjonowania.  Z ok. 30 tysięcy ludzkich genów kodujących białka w ok. 80% ich aktywność biologiczna wymaga tworzenia kompleksów z innymi białkami.  Analizy kompleksów białko-białko oraz białko-kwasy nukleinowe są wykonywane na poziomie in silico (Rys.1) , in vivo oraz in vitro.  Wybór metody analizy kompleksów determinuje etap prac (odkrycie/walidacja/detekcja) oraz rodzaj i dostępności materiału biologicznego. Ważnym elementem determinującym wybór metody in vitro jest ich zdolność do dostosowania warunków analizy do specyficznych własności fizyko-chemiczne badanego białka i jego kompleksów.  Do jednych z częściej stosowanych metod analizy kompleksów in vitro należą metody oparte o elektroforezę natywną, które łączą w sobie funkcje analityczne i preparatywne i pozwalają dzięki temu na dalszą charakterystykę składników kompleksów metodami spektrometrii masowej, NMR, lub oznaczanie ich aktywności enzymatycznej/biologicznej.  Do analizy kompleksów białko-białko najczęściej stosuje się m. BlueNative a kompleksów białko-kwasy nukleinowe metodę EMSA. W celu zwiększenia rozdzielczości tych metod opracowano ich wersje 2D które pozwalają na identyfikacje pojedynczych składniki kompleksów.

Zapewnieni powtarzalności tych analiz wymaga standaryzacji sposobu przygotowania żeli polikarylamidowych (polecamy nasz Poradnik pt "Jak powtarzalnie spolimeryzować żel poliakrylamidowy") oraz odpowiedniej jakości odczynników chemicznych. Polecamy szeroką game dedykowanych odczynników do przygotowania, przeprowadzenia oraz wizualizacji białek w żelach poliakrylamidowych w pełni kompatybilnych z dalszą ich analizą np metodami spektrometrii masowej.

Nie bez znaczenie jest też zapewnienie powtarzalnych warunków elektroforezy natywnej. Oferujemy unikalny w skali świata, sprzet DNA

Pointer(R) System (Rys . 2)



Rysunek 1   Mapa 3263 oddziaływań białka PT53 z innymi białkami 

                      człowieka ( wg BioGIRD 3.5)

DNAPointer® System


Parametry użytkowe DNAPointer System



Zakres temperatur żelu         2 - 65°C

Nastawa temperatury co         0,1°C


Dokładność stabilizacji temperatury żelu     0,2°C


Maksymalna liczba prób          44


Parametry techniczne:

 

Napięcie (max.)            3000 V


Natężenie prądu (max.)          300 mA


Moc                  600 W


Wymiary                570 x 432 x 504 mm


Waga                  26 kg


Zasilanie               230 V/50 Hz



DNAPointer ® System dzięki unikalnemu w skali świata, poziomowi stabilizacji temperatury prób na poziomie 0,1-0,2°C w czasie wysokonapięciowej elektroforezy typu BlueNative lub EMSA zapewnia: 

  • 99% powtarzalność uzyskiwanych wyników 
  • skrócony do 20% czas analizy 
  • do 36 prób analizowanych równolegle co pozwala na analizę stechiometrii i kinetyki kompleksów lub np. ich inhibitorów
Metodyka ta (połączenie natywnej i preparatywnej metody analitycznej kompleksów białkowych w jednym ) umożliwia dalszą analizę aktywności enzymatycznej i biologicznej kompleksów białkowych po zakończonym rozdziale: 

  • bezpośrednio w żelu - np zymogramy
  • immunodetekcję białek np. metodą np Western blotting
  • identyfikacje białek wchodzących w skład kompleksów i ich struktur metodami spektrometrii masowej,  spektroskopii magnetycznego rezonansu jądrowego (NMR) lub mikroskopii elektronowej typu Cryo-EM

 Jakość i powtarzalność uzyskiwanych wyników tego typu analiz w dużym stopniu jest zależna od jakości użytych odczynników oraz sposobu (w tym czasu) polimeryzacji żeli natywnych. Dlatego dodatkowo polecamy szereg sprawdzonych odczynników i buforów do tych analiz.

Zamawianie

Nr Kat

Produkt

Wyposażenie

 

105-100

 

DNAPointer® System

 

 

 

w skład zestawu wchodzi:

- jednostka centralna z wbudowanym cyfrowym zasilaczem wysokonapięciowym, układem termodynamicznym opartym na ogniwach Peltiera, umożliwiającym zadawanie temperatury żelu w przedziale 4 - 65 st. C z dokładnością 0,2 st. C oraz komorą elektroforetyczną na szyby o wymiarach 240 x 197 mm.

 - jednostka sterująca (laptop) z zainstalowanym i skonfigurowanym oprogramowaniem DNA Pointer Software umożliwiającym sterowanie parametrami prądowymi elektroforezy, czasem oraz temperaturą rozdziału. Odczyt parametrów eleketroforezy odbywa się w czasie rzeczywistym. Oprogramowanie pozwala użytkownikowi: programować i zapisywać profile temperaturowe elektroforez za pomocą gotowych szablonów dla każdego rodzaju elektroforezy (SSCP, MSSCP, EMSA i innych), programować parametry elektroforezy (temperaturę, napięcie, moc, czas). Program posiada funkcję Gel Saver, pozwalającą na zachowanie wysokiej jakości rozdziału po zakończeniu elektroforezy do czasu barwienia żelu.


Akcesoria

Nr kat

Opis

DNAPointer System (nr kat. 105-100)

 

105-111

Przekładki DNAPointer 0,5 mm

 

105-112

Przekładki DNAPointer 1,0 mm

 

105-113

Przekładki DNAPointer 1,5 mm

 



 

105-121

Grzebień DNAPointer 0,5 mm/24 studzienki

 

105-122

Grzebień DNAPointer 0,5 mm/44 studzienki

 

105-123

Grzebień DNAPointer 0,5 mm/33 studzienki

 

105-124

Grzebień DNAPointer 0,5 mm/20 studzienek

 

105-125

Grzebień DNAPointer 1,0 mm/33 studzienki

 

105-126

Grzebień DNAPointer 1,0 mm/24 studzienki

 

105-127

Grzebień DNAPointer 1,0 mm/20 studzienek

 

105-128

Grzebień DNAPointer 1,0 mm/44 studzienki

 

105-130

Uszczelka U-kształtna DNAPointer 0,5 mm

 

105-131

Uszczelka U-kształtna DNAPointer 1,0 mm

 

105-132

Uszczelka U-kształtna DNAPointer 1,5 mm

 



 

105-151

Szyby do zestawu DNAPointer (1 kpl = 2 szt.)

 

105-161

MULTIPOL DNAPointer

 

105-171

Statyw do suszenia szyb DNAPointer

 

105-191

DRYOUT DNAPointer zestaw do suszenia żeli