Oddziaływania białko-białko wpływają bezpośrednio na procesy biologiczne wszystkich żywych organizmów na wielu poziomach ich funkcjonowania. Z ok. 30 tysięcy ludzkich genów kodujących białka w ok. 80% ich aktywność biologiczna wymaga tworzenia kompleksów z innymi białkami. Analizy kompleksów białko-białko oraz białko-kwasy nukleinowe są wykonywane na poziomie in silico (Rys.1) , in vivo oraz in vitro. Wybór metody analizy kompleksów determinuje etap prac (odkrycie/walidacja/detekcja) oraz rodzaj i dostępności materiału biologicznego. Ważnym elementem determinującym wybór metody in vitro jest ich zdolność do dostosowania warunków analizy do specyficznych własności fizyko-chemiczne badanego białka i jego kompleksów. Do jednych z częściej stosowanych metod analizy kompleksów in vitro należą metody oparte o elektroforezę natywną, które łączą w sobie funkcje analityczne i preparatywne i pozwalają dzięki temu na dalszą charakterystykę składników kompleksów metodami spektrometrii masowej, NMR, lub oznaczanie ich aktywności enzymatycznej/biologicznej. Do analizy kompleksów białko-białko najczęściej stosuje się m. BlueNative a kompleksów białko-kwasy nukleinowe metodę EMSA. W celu zwiększenia rozdzielczości tych metod opracowano ich wersje 2D które pozwalają na identyfikacje pojedynczych składniki kompleksów.
Zapewnieni powtarzalności tych analiz wymaga standaryzacji sposobu przygotowania żeli polikarylamidowych (polecamy nasz Poradnik pt "Jak powtarzalnie spolimeryzować żel poliakrylamidowy") oraz odpowiedniej jakości odczynników chemicznych. Polecamy szeroką game dedykowanych odczynników do przygotowania, przeprowadzenia oraz wizualizacji białek w żelach poliakrylamidowych w pełni kompatybilnych z dalszą ich analizą np metodami spektrometrii masowej.
Nie bez znaczenie jest też zapewnienie powtarzalnych warunków elektroforezy natywnej. Oferujemy unikalny w skali świata, sprzet DNA
Pointer(R) System (Rys . 2)