Usługowe genotypowanie mniejszościowych wariantów genetycznych

w niejednorodnym materiale biologicznym i klinicznym z czułością 0,1% całkowitego DNA/RNA


Analiza podłoża genetycznego w niejednorodnym materiale biologiczny lub klinicznym (który może zawierać kilka, różnych wariantów genetycznych tego samego genu) wymaga zastosowania odpowiednich procedur analitycznych lub stosownej procedury oceny uzyskiwanych wyników przy zastosowaniu klasycznych metod genotypowania.

Problem niejednorodności materiału wyjściowego w analizie genetycznej jest obecny np. w onkologii przy analizie mutacji somatycznych w materiale z guza, lub w wirusologii, zwłaszcza w przypadku wirusów RNA, gdzie obecność kilku wariantów genetycznych wirusa w tym samym organizmie i tym samym czasie jest naturalnym zjawiskiem. Podobnie kilka wariantów genetycznych tego samego organizmu można się spodziewać w próba mikrobiologicznych od pacjentów lub w próbach środowiskowych.

Oferujemy unikalną Usługę Genotypowania Niejednorodnego Materiału (PMES) biologicznego w oparciu o wynaleziona i opatentowana przez nas metodę MSSCP (Multitemperature Single Strand Conformation Polimorphism). Procedura ta pozwala odkryć nowe oraz detekcje znanych mniejszościowych wariantów genetycznych obecne w badanej próbie na poziomie 0,1% (1)

Główne etapy procedury genotypowania PMES


Główne etapy procedury genotypowania PMES

201706pmesetapyjpg


         Przykłady zastosowania procedury genotypowania mniejszościowych wariantów genetycznych PMES                                                 



Wirusologia

Zastosowanie metody genotypowania PMES do odkrycia obecności dwóch różnych szczepów wirusa grypy A/H1N1pdm09 (p) oraz A/H1N1 sezonowy (s) u jednego pacjenta.

201706msscph1n1genotypowanieartfig3coinfectionjpg

201706msscph1n1genotypowanie1strartjpg




Onkologia

Zastosowanie metody genotypowania PMES do odkrywanie i detekcja w niejednorodnym materiale klinicznym (biopsja) lekoopornych wariantów genetycznych w genach kodujących białka które są celami terapeutycznymi.
 



Przykład 1
Detekcja lekoopornych mutacji w genie kodującym kinazę FLT3


Mutacje w genie FLT3 ex.14, kodującym centrum aktywne kinazy FLT3 będącej celem nisko cząsteczkowych terapii przeciwnowotworowych, mogą odpowiadać za brak skuteczności określonych związków (mutacje lekooporne). W materiale klinicznym, metodą PMES (lewy panel, ścieżka A2) odkryto jednoczesną obecność kilku wariantów genetyczne - prążki oznaczające warianty oznaczone strzałką nr 3, 4 i 5. Panel prawy przedstawia sekwencje DNA wyizolowanego z prażaków nr 4 i 5. 

201706pmesprzykldaflt3ex14jpg
Przykład 2
Detekcja lekooporny wariantów w genie EGFR ex.19

Delecja w ex.19 genu kodującego aktywna domenę wewnątrz komórkowej kinazy EGFR jest genetycznym markerem lekooporności na terapie inhalatorami kinazy tyrozynowej (EGFR TKIs).

Panel lewy, u pacjenta T55 wykryto metodą MSSCP obecność zarówno wariantu zmutowanego (prążek nr 4) jak i wersję dziką (bez mutacji) - prążek nr 5. Ilościowe proporcje komórek pobranych w czasie biopsji oraz czułość wykrywania mniejszościowych wariantów genetycznych zastosowanej metody do genotypowania określają prawdopodobieństwo uzyskanie fałszywie ujemnego wyniku w czasie analizy tego materiału.


201706pmesprzykldaegfrex19_1jpg




Skontaktuj się z nami