Usługowe genotypowanie mniejszościowych wariantów genetycznych

w niejednorodnym materiale biologicznym i klinicznym, z czułością 0,1% całkowitego DNA/RNA


Analiza podłoża genetycznego w niejednorodnym materiale biologicznym lub klinicznym (który może zawierać kilka różnych wariantów tego samego genu) wymaga zastosowania odpowiednich procedur analitycznych lub stosownej procedury oceny uzyskiwanych wyników przy zastosowaniu klasycznych metod genotypowania.

Problem niejednorodności materiału wyjściowego w analizie genetycznej jest obecny np. w onkologii przy analizie mutacji somatycznych w materiale z guza, lub w wirusologii, zwłaszcza w przypadku wirusów RNA, gdzie obecność kilku wariantów genetycznych wirusa w tym samym organizmie i tym samym czasie jest naturalnym zjawiskiem. Podobnie kilka wariantów genetycznych tego samego organizmu można się spodziewać w próbach mikrobiologicznych od pacjentów lub w próbach środowiskowych.

Oferujemy unikalną Usługę Genotypowania Niejednorodnego Materiału (PMES) biologicznego w oparciu o wynalezioną i opatentowaną przez nas metodę MSSCP (Multitemperature Single Strand Conformation Polimorphism). Procedura ta pozwala na detekcję znanych mniejszościowych wariantów genetycznych oraz na odkrycie zupełnie nowych wariantów, obecnych w badanej próbie na poziomie 0,1% (1)


Główne etapy procedury genotypowania PMES

201706pmesetapyjpg


         Przykłady zastosowania procedury genotypowania mniejszościowych wariantów genetycznych PMES                                                 

Wirusologia
Zastosowanie metody genotypowania PMES do odkrycia obecności dwóch różnych szczepów wirusa grypy A/H1N1pdm09 (p) oraz A/H1N1 sezonowy (s) u jednego pacjenta.

201706msscph1n1genotypowanieartfig3coinfectionjpg

201706msscph1n1genotypowanie1strartjpg




Onkologia

Zastosowanie metody genotypowania PMES do odkrywania i detekcji w niejednorodnym materiale klinicznym (biopsja) lekoopornych wariantów genetycznych w genach kodujących białka, które są celami terapeutycznymi.
 


Przykład 1
Detekcja lekoopornych mutacji w genie kodującym kinazę FLT3

Mutacje w genie FLT3 ex.14, kodującym centrum aktywne kinazy FLT3 będącej celem nisko cząsteczkowych terapii przeciwnowotworowych, mogą odpowiadać za brak skuteczności określonych związków (mutacje lekooporne). W materiale klinicznym, metodą PMES (lewy panel, ścieżka A2) odkryto jednoczesną obecność kilku wariantów genetyczne - prążki oznaczające warianty oznaczone strzałką nr 3, 4 i 5. Panel prawy przedstawia sekwencje DNA wyizolowanego z prażaków nr 4 i 5. 

201706pmesprzykldaflt3ex14jpg
Przykład 2
Detekcja lekoopornych  wariantów w genie EGFR ex.19

Delecja w ex.19 genu kodującego aktywną domenę wewnątrzkomórkowej kinazy EGFR jest genetycznym markerem lekooporności na terapie inhalatorami kinazy tyrozynowej (EGFR TKIs).

Panel lewy, u pacjenta T55 wykryto metodą MSSCP obecność zarówno wariantu zmutowanego (prążek nr 4) jak i wersję dziką (bez mutacji) - prążek nr 5. Ilościowe proporcje komórek pobranych w czasie biopsji oraz czułość wykrywania mniejszościowych wariantów genetycznych zastosowanej metody do genotypowania określają prawdopodobieństwo uzyskania fałszywie ujemnego wyniku w czasie analizy tego materiału.


201706pmesprzykldaegfrex19_1jpg
Poproszę o kontakt nt genotypowania MSSCP